文谏

时柄国者悉忠贤遗党，疏入，以论奏不当责之。于是维垣复疏驳元璐。元璐再疏曰：臣前疏原为维垣发也。陛下明旨曰：“分别门户，已非治征”，曰“化异为同”，曰“天下为公”，而维垣则倡为孙党、赵党、熊党、邹党之说。是陛下于方隅无不化，而维垣实未化;陛下于正气无不伸，而维垣不肯伸。

维垣怪臣盛称东林，以东林尝推李三才而护熊廷弼也。抑知东林有力击魏忠贤之杨涟，首劾崔呈秀之高攀龙乎!忠贤穷凶极恶，维垣犹尊称之曰“厂臣公”、“厂臣不爱钱”、“厂臣知为国为民”，而何责乎三才?五彪五虎之罪，刑官仅拟削夺，维垣不驳正，又何诛乎廷弼?维垣又怪臣盛称韩爌。夫舍爌昭然忤珰之大节，而加以罔利莫须有之事，已为失平。至廷弼行贿之说，乃忠贤借以诬陷清流，为杨、左诸人追赃地耳，天下谁不知，维垣犹守是说乎?维垣又怪臣盛称文震孟。夫震孟忤珰削夺，其破帽策蹇傲蟒玉驰驿语，何可非?维垣试观数年来破帽策蹇之辈，较超阶躐级之俦，孰为荣辱。自此义不明，畏破帽策蹇者，相率而颂德建祠，希蟒玉驰驿者呼父、呼九千岁而不怍，可胜叹哉!维垣又怪臣盛称邹元标。夫谓都门聚讲为非则可，谓元标讲学有他肠则不可。当日忠贤驱逐诸人，毁废书院者，正欲箝学士大夫之口，恣行不义耳。自元标以伪学见驱，而逆珰遂以真儒自命，学宫之内，俨然揖先圣为平交。使元标诸人在，岂遂至此!维垣又驳臣假借矫激。夫当崔、魏之世，人皆任真率性，颂德建祠。使有一人假借矫激，而不颂不建，岂不犹赖是人哉!维垣以为真小人，待其贯满可攻去之，臣以为非计也。必待其贯满，其败坏天下事已不可胜言，虽攻去之，不已晚乎!即如崔、魏，贯满久矣，不遇圣明，谁攻去之?维垣终以无可奈何为颂德建祠者解，臣以为非训也。假令呈秀一人舞蹈称臣于逆珰，诸臣亦以为无可奈何而从之乎?又令逆珰以兵劫诸臣使从叛逆，诸臣亦靡然从之，以为无可奈何而然乎?维垣又言“今日之忠直，不当以崔、魏为对案”，臣谓正当以崔、魏为对案也。夫人品试之崔、魏而定矣，故有东林之人，为崔、魏所恨其牴触、畏其才望而必欲杀之逐之者，此正人也。有攻东林之人，虽为崔、魏所借，而劲节不阿，或远或逐者，亦正人也。以崔、魏定邪正，犹以明镜别妍媸。维垣不取证于此，而安取证哉!

论功

总之东林之取憎于逆珰独深，其得祸独酷。在今日当曲原其被抑之苦，不当毛举其尺寸之瑕。乃归逆珰以首功，代逆珰而分谤，斯亦不善立论者矣。

疏入，柄国者以互相诋訾两解之。当是时，元凶虽殛，其徒党犹盛，无敢颂言东林者。自元璐疏出，清议渐明，而善类亦稍登进矣。

请毁三朝要典

元璐寻进侍讲。其年四月，请毁《三朝要典》，言：“梃击、红丸、移宫三议，哄于清流，而《三朝要典》一书，成于逆竖。其议可兼行，其书必当速毁。盖当事起议兴，盈廷互讼。主梃击者力护东宫，争梃击者计安神祖。主红丸者仗义之言，争红丸者原情之论。主移宫者弭变于几先，争移宫者持平于事后。数者各有其是，不可偏非。总在逆珰未用之先，虽甚水火，不害埙篪，此一局也。既而杨涟二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则借三案。经此二借，而三案全非矣。故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父，又一局也。网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧其翻局。崔、魏诸奸始创立私编，标题《要典》，以之批根今日，则众正之党碑;以之免死他年，即上公之铁券。又一局也。由此而观，三案者，天下之公议;《要典》者，魏氏之私书。三案自三案，《要典》自《要典》也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，惟有毁之而已。”帝命礼部会词臣详议。议上，遂焚其板。侍讲孙之獬，忠贤党也，闻之，诣阁大哭，天下笑之。

官职升迁

元璐历迁南京司业、右中允。四年，进右谕德，充日讲官，进右庶子。上制实八策：曰间插部，曰缮京邑，曰优守兵，曰靖降人，曰益寇饷，曰储边才，曰奠辇毂，曰严教育。又上制虚八策：曰端政本，曰伸公议，曰宣义问，曰一条教，曰虑久远，曰昭激劝，曰励名节，曰假体貌。其端政本，悉规切温体仁;其伸公议，则诋张捷荐吕纯如谋翻逆案事。捷大怒，上疏力攻，元璐疏辨，帝俱不问。八年，迁国子祭酒。

元璐雅负时望，位渐通显。帝意向之，深为体仁所忌。一日，帝手书其名下阁，令以履历进，体仁益恐。会诚意伯刘孔昭谋掌戎政，体仁饵孔昭使攻元璐，言其妻陈尚存，而妾王冒继配复封，败礼乱法。诏下吏部核奏，其同里尚书姜逢元，侍郎王业浩、刘宗周及其从兄御史元珙，咸言陈氏以过被出，继娶王非妾，体仁意沮。会部议行抚按勘奏，即拟旨云：“登科录二氏并列，罪迹显然，何待行勘。”遂落职闲住。孔昭京营不可得，遂以南京操江偿之。

兵部右侍郎兼侍读学士

十五年九月，诏起兵部右侍郎兼侍读学士。明年春抵都，陈制敌机宜，帝喜。五月，超拜户部尚书兼翰林院学士，仍充日讲官。祖制，浙人不得官户部。元璐辞，不许。帝眷元璐甚，五日三赐对。因奏：“陛下诚用臣，臣请得参兵部谋。”帝曰：“已谕枢臣，令与卿协计。”当是时，冯元飙为兵部，与元璐同志，钩考兵食，中外想望治平。惟帝亦以用两人晚，而时事益不可为，左支右诎，既已无可奈何。故事，诸边饷司悉中差，元璐请改为大差，兼兵部衔，令清核军伍，不称职者即遣人代之。先是，屡遣科臣出督四方租赋，元璐以为扰民无益，罢之，而专责抚按。户部侍郎庄祖诲督剿寇饷，忧为盗劫，远避之长沙、衡州。元璐请令督抚自催，毋烦朝使。自军兴以来，正供之外，有边饷，有新饷，有练饷，款目多，黠吏易为奸，元璐请合为一。帝皆报可。时国用益诎，而灾伤蠲免又多。元璐计无所出，请开赎罪例，且令到官满岁者，得输赀给封诰，帝亦从之。

数请解职

先是，有崇明人沈廷扬者，献海运策，元璐奏闻。命试行，乃以庙湾船六艘听运进。月余，廷扬见元璐，元璐惊曰：“我已奏闻上，谓公去矣，何在此?”廷扬曰：“已去复来矣，运已至。”元璐又惊喜闻上。上亦喜，命酌议。乃议岁粮艘，漕与海各相半行焉。十月，命兼摄吏部事。陈演忌元璐，风魏藻德言于帝曰：“元璐书生，不习钱谷。”元璐亦数请解职。

为大明殉节

在袁可立的门生中，黄道周、倪元璐和刘理顺皆为国殉，名垂千秋。其中元璐素负时望，亦渐获重用， 思宗颇欲用之，然却因此深遭小人所忌，而蒙谗言罢归。元璐自此深知朝政不可为，从此绝意仕途。崇祯十五年(1642)闻清兵入至北京，北京震动，求救兵于天下，元璐毅然尽鬻家产以征兵，募得死士数百人，驰赴北京。并向思宗陈述制敌之法，思宗拜为户部尚书，深恨不能早日用之。十七年二月，命以原官专直日讲。逾月，李自成陷北京。城陷之日，元璐整衣冠拜阙，大书几上曰：“以死谢国，乃分内之事。死后勿葬，必暴我尸于外，聊表内心之哀痛。”遂南向坐，取帛自缢而死。

与黄道周

“黄、倪二人是袁可立的得意弟子，又同朝为官，更重要的是二人在书法字画等共同志趣方面最为契合。······在得知倪元璐因袁可立辞官自己也要请辞后，黄道周和陈彦升、陈子龙等人，来倪元璐家中劝阻。”(闽南师范大学 王翔《黄道周诗歌研究》)